垂直電泳槽一般來說主要是用于對少量核酸及蛋白質樣品進行垂直電泳，主要是蛋白樣品的電泳，在進行種子的有些試驗中會用到。垂直電泳槽從特點上來看，其中間是夾在一起的兩塊玻璃板，玻璃板兩邊由墊條隔開，在玻璃平板中間制備電泳凝膠，凝膠的大小通常是12cm～14 cm，厚度1mm～2 mm，近年來新研制的電泳槽，膠面更小、更薄，以節省試劑和縮短電泳時間。制膠時在凝膠溶液中放一個塑料梳子，在膠聚合后移去，形成上樣品的凹槽。

　　垂直電泳槽是一種與圓盤電泳槽在原理與結構上略有相似，卻在制膠和電泳方面存在某些差異的電泳槽種類中的一種。它一般被應用于分子生物學等領域。由于垂直電泳槽在使用過程中的要求較高，在使用時應當注意一些事項。

　　1、分離膠濃度的選擇。低濃度膠對大分子量蛋白質分離效果好：高濃度膠對小分子量蛋白質分離效果好；

　　2、清洗玻璃板。玻璃板應清洗干凈，玻璃表面的油污會造成分離膠與濃縮膠界面的不平整。經用去污劑洗滌后的玻璃板先用蒸餾水沖洗，再用紗布蘸乙醇擦拭玻璃表面；

　　3、TEMED的加入量。TEMED是促進丙烯酰胺聚合的加速劑。加*果隨試劑保存時間而變化。對于陳舊試劑，可適當多加。事實上，配制分離膠時每塊膠板按2滴加入，效果也不錯；

　　4、丙烯酰胺的毒性。丙烯酰胺和甲叉雙丙烯酰胺都是神經性毒劑，對皮膚有刺激作用。但在形成凝膠后則無毒。操作時應戴橡膠或塑料手套，盡量避免接觸皮膚，并注意實驗后洗手；

　　5、電極緩沖液的配制。電極緩沖液的用量大、占體積、配制麻煩。如果經常跑膠，可考慮配制5X濃度的濃縮液。方法如下：將144g甘氨酸和30﹒2gTris溶于1升蒸餾水中。使用時稀釋5倍。